Biology20 [NGS 분석] Singleton reads Singleton read는 genome assembly가 되지 않은 read이다. Genome assembly를 하기 위해서는 Genome에서 추출된 fragment의 서열을 담은 많은 양의 read들이 필요하다. Singleton이 Computer Science에서는 단일 객체를 생성하는 설계 패턴의 이름이기 때문에 처음 이 용어를 접했을 때 약간 헷갈렸다. 2013. 10. 30. 병원성 유전자 균 (pathogenicity island) 일부 병원체에서 병원성에 관계하는 유전자를 가진 광범위한 DNA 지역 : 일반적으로 이 지역은 병원체가 병원성 단백질을 분비하여 숙주 세포에 해를 입히게 하는 타입Ⅲ분비 시스템을 코드하고 있다. 하나의 병원체가 하나 이상의 병원성을 가질 수 있다.출처: [네이버 지식백과] 병원성 유전자균 [Pathogenicity island] (모발학 사전, 2003.5.22, 광문각), http://terms.naver.com/entry.nhn?docId=518931&cid=2908&categoryId=2908 2013. 10. 30. 용원성(lysogeny) 용균성(bacteriolytic) 용원성 바이러스와 용균성 바이러스는 먹이가되는 숙주 세포를 죽이며 사는가 아니면 같이 기생하며 살아가는 가의 차이입니다. 하지만 용원성 바이러스는 특정환경에는 용균성으로 바뀌기도 합니다. 용균성 바이러스는 세포에 감염이 되면 즉시 세포를 바이러스 생산공장으로 전환시켜 바이러스만 생산하게 만들어 결국 바로 세포가 죽어버립니다. 하지만 용원성은 바이러스가 감염되면 일단 스스로의 바이러스막을 버리고 유전물질이 세포의 핵과 동화됩니다. 동화된 세포 핵은 바이러스의 유전자가 마치 자신의 유전자인양 스스로 분열 할때 바이러스의 유전자까지 복제해서 분열합니다. 그렇게 계속적으로 증식하다가 숙주세포의 환경이 좋지 않을때에는 즉시 용균성으로 바뀌어 세포를 죽이고 세포외로 나오게 됩니다. 출처: 네이버 지식인, http:.. 2013. 10. 30. 인간 지놈 참조 서열 다운로드 받기 본 글은 http://www.biostars.org/p/1796/ 의 내용 중 실제로 사용할 수 있었던 답변의 내용을 편역하였다. 참조 서열은 보통 fasta 파일 포맷으로 되어 있다. NCBI에서 h19의 기반이 된 GRCh17이라고 불리는 소스를 다운로드를 받을 때의 경로이다. 솔직히 이 서열은 염색체 별로 나눠져 있어서 바로 사용하기에는 귀찮다. 즉, 서열들을 수동으로 모두 합쳐 준 후에 사용할 수 있다. ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/Eukaryotes/vertebrates_mammals/Homo_sapiens/GRCh37/Primary_Assembly/assembled_chromosomes/FASTA/ 다음으로 미리 만들어진 서열을 찾아 보면, 10.. 2013. 7. 10. 이전 1 2 3 4 5 다음