viterbi1 [간략]은닉 마르코프 모델(Hidden Markov Model)과 비터비(Viterbi) 알고리즘의 생물학 이용 최근에 여러 가지 자료 구조와 알고리즘을 보다가 은닉 마르코프 모델과 비터비 알고리즘을 보게 되었다. 이런 알고리즘을 왜 사용하는 걸까? 라는 고민에 이것 저것 찾아 보다가 정리를 할 수 있게 되어 간략하게 적게 되었다. 가령 생물 정보학에서 자주 다루게 되는 DNA 염기서열이 다음과 생성(output)이 되었다고 하자. s = "ATCGATCGTTTCATTAGTATTCATGCT" 이 서열에는 총 4가지 문자가 사용되었다. 그렇다면, 이런 서열을 생성하는 동안 각 순간에 염기 변이 확률 같은 것이 있지 않을까? 확률로써 염기의 전이들을 표현하고 싶다면, 그에 합당한 모델이 있어야 한다. 이 때 우리는 은닉 마르코프 모델(HMM)을 사용할 수 있다. 예를 들어, 우리는 다음과 같이 은닉 마르코프 모델을 정.. 2013. 4. 3. 이전 1 다음