Bioinformatics/Algorithms34 [simulation]fast sequential markov coalescent simulation of genomic data under complex evolutionary models 나중에 참고할 때가 있을 지도.. https://github.com/biopython/biopython_docker/blob/master/templates/Biopython-Basichttp://cmpg.unibe.ch/software/fastsimcoal2/ 2015. 7. 22. [bwt] 정리 one of intervals => suffix array indexA suffix array contains suffix array elementssuffix array[suffix array index] => a suffix array elementA suffix array element contains string id (or read id) and the positions To check if the k-mers came from the same read, we need to update the interval by using the current string 2015. 4. 11. [bwt] suffix array 관련 정리 1. BWT and SAGiven a string S, a sorted suffix array SA,BWT[i] = S[SA[i] - 1] 2. Backward search 2-1. Rank Functionrank() sometimes is named with occurrence()rank() counts the number of an alphabet up to a certain position.In practice, we uses sampled cumulative alphabet counters.Given a pattern P, a global alphabet counter C, a low suffix array index l, a high suffix array index h,for (i = len(.. 2015. 3. 27. BWT의 복원성 본 내용은 http://www.homolog.us/Tutorials/index.php?p=2.8&s=6을 번역한 것이다. BWT의 복원성 우리는 BWT가 복원 가능함을 언급했었다. 우리는 어떻게 다음 서열로 부터 'homolg.us′를복원할것인가?우리는위의서열이BWT를생성하기위해서행렬의마지막열에서부터생성된서열임을알아야한다.그러나우리는또한다른열인첫번째열을안다.첫번째열은사전순으로정렬된마지막열에있는모든문자들을가지고있다.이밖에우리는어떤것을알고있나?우리는,원래서열에서,첫번째열에있던문자들이마지막열의다음에나오는문자들임을알고있다.그러므로,우리는원래의서열에서′'는 's' 다음에 나오고, '.'은 'g' 다음에 .. 2014. 9. 17. 이전 1 2 3 4 ··· 9 다음
