seed-and-extend1 GenomeMapper 개념 본 내용은 내 동료인 Jorg의 diploma thesis의 일부를 번역한 것이다. 개념 GenomeMapper는 프로그래밍 언어 C를 이용하여 구현되었다. 포인터 연산과 수동 메모리 관리가 이점이며, 다른 프로그래밍 언어에 비해서 실행 시간을 줄여준다. Read란, 예를 들어 fasta 포맷으로 된 염기 서열 데이터 파일을 보면 시퀀싱 머신에서 한 싸이클 당 읽어들인 염기 서열들이 한 줄마다 있게 된다. 즉 이 한 줄에 담긴 염기 서열을 read 라고 부른다. GenomeMapper는 약간씩 다른 지놈들에 있는 수백만의 리드들의 위치를 검출하기 위해 개발되었다. 리드들은 알려지지 않은 지놈으로부터 왔기 때문에, 대부분의 리드들은 원래의 염기 서열에 있어야 하는 영역을 찾지 못할 것이다. 그런 까닭에, .. 2012. 11. 29. 이전 1 다음
