[metagenomics] bacteria, virus 모두 다운로드 받기

사실 저번 팁에서 설명한 다운로드 방식은 여러 개의 파일을 함께 받을 때 어떻게 하는지 알려주기 위한 용도 였고, 현실적으로 다운로드 받을 때는 단순히 다음 경로를 이용한다.

박테리아 다운로드 경로

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/all.fna.tar.gz

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria_DRAFT/

바이러스 다운로드 경로

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Viruses/all.fna.tar.gz

균계 다운로드 경로

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Fungi/

DRAFT의 경우에는 이전과 마찬가지로 일일이 다운로드 받아야 한다.

여기에서 포맷들은 다음과 같다.

*.faa = FASTA Amino Acid file

*.ffn = FASTA nucleotide coding regions file

*.fna = FASTA Nucleic Aciid file

*.gbk = GenBank flat file

*.ptt = Protein table