본 내용은 https://forums.oracle.com/forums/thread.jspa?messageID=9588718의 내용을 참고했다.
우선 먼저 해야 하는 것은 주어진 그리드 엔진에서 어떤 병렬 처리 환경이 제공되는지 알아야 한다. 그러므로 다음과 같은 명령으로 사용할 수 있는 병렬 처리 환경을 확인한다.
qconf -spl
끝은 'L' 소문자이다.
$ qconf -spl
openmpi
parallel
내가 있는 연구소에서는 openmpi와 parallel이라는 이름으로 병렬 환경을 제공한다.
다음으로 각 환경이 무엇을 지원하는지 확인해 보자.
qconf -sp <병렬 환경 이름>
위 명령을 이용해서 좀더 자세한 내용을 확인할 수 있다.
$ qconf -sp openmpi
pe_name openmpi
slots 999
user_lists NONE
xuser_lists NONE
start_proc_args /bin/true
stop_proc_args /bin/true
allocation_rule $round_robin
control_slaves TRUE
job_is_first_task FALSE
urgency_slots min
accounting_summary FALSE
$ qconf -sp parallel
pe_name parallel
slots 9999
user_lists NONE
xuser_lists NONE
start_proc_args /bin/true
stop_proc_args /bin/true
allocation_rule $pe_slots
control_slaves FALSE
job_is_first_task TRUE
urgency_slots min
accounting_summary FALSE
위와 같은 결과를 얻을 수 있었다. 다음으로 qlogin 작업을 제출해 보자.
qlogin 다양한 옵션들
위의 명령은 인터렉티브하게 명령을 노드에서 수행할 수 있다. 말하자면, 쉘로 연결한 것처럼 보이게 된다.
$ qlogin -pe parallel 32 -l h_vmem=128g -now n
위의 옵션에서 32개의 코어와 128G의 메모리, 그리고 해당 자원이 찾아질 때까지 계속 기다리는 옵션을 적었다. 어떤 작업이 현재 제출되어 있는지 확인하려면 qstat, qhost를 이용하면 된다.
qstat
qhost
실행하면 다음과 같은 결과를 얻을 수 있다.
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
483515 0.32958 QLOGIN elim qw 06/05/2013 12:45:48 32
483516 0.32956 QLOGIN elim qw 06/05/2013 12:46:15 32
qlogin을 2개 제출했다. 여기에서 slot은 코어 갯수이다. 여기에 -f 옵션을 추가 하면 좀 더 자세한 상황이 보인다.
$ qstat -f
queuename qtype resv/used/tot. load_avg arch states
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node337 BIP 0/64/64 61.91 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node401 BIP 0/6/8 6.04 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node402 BIP 0/5/8 4.98 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node403 BIP 0/5/8 6.02 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node404 BIP 0/4/8 4.01 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node405 BIP 0/5/8 5.00 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node406 BIP 0/5/8 5.06 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node407 BIP 0/5/8 4.99 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node408 BIP 0/5/8 4.98 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node409 BIP 0/5/8 5.04 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node410 BIP 0/5/8 4.99 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node411 BIP 0/5/8 4.99 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node412 BIP 0/5/8 4.99 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node413 BIP 0/6/8 5.01 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node415 BIP 0/5/8 4.98 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node416 BIP 0/4/8 4.01 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node418 BIP 0/5/8 5.01 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node419 BIP 0/5/8 5.14 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node422 BIP 0/5/8 4.98 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node443 BIP 0/45/48 44.97 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node444 BIP 0/32/48 32.00 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node445 BIP 0/36/48 163.08 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node446 BIP 0/38/48 19.66 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node447 BIP 0/64/64 63.97 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node454 BIP 0/8/8 8.03 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node501 BIP 0/64/64 61.88 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node503 BIP 0/24/64 24.07 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
long.q@node504 BIP 0/40/64 38.92 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
short.q@node336 BIP 0/0/64 0.02 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
short.q@node414 BIP 0/0/8 0.01 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
short.q@node417 BIP 0/0/8 0.01 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
short.q@node420 BIP 0/0/8 0.04 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
short.q@node421 BIP 0/0/8 0.04 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
short.q@node502 BIP 0/0/64 0.01 lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
short.q@node505 BIP 0/0/64 0.01 lx26-amd64
############################################################################
- PENDING JOBS - PENDING JOBS - PENDING JOBS - PENDING JOBS - PENDING JOBS
############################################################################
483515 0.32961 QLOGIN elim qw 06/05/2013 12:45:48 32
483516 0.32959 QLOGIN elim qw 06/05/2013 12:46:15 32
qhost는 다음과 같은 결과를 얻을 수 있다.
$ qhost
HOSTNAME ARCH NCPU LOAD MEMTOT MEMUSE SWAPTO SWAPUS
-------------------------------------------------------------------------------
global - - - - - - -
node336 lx26-amd64 64 0.08 504.9G 4.0G 558.9G 0.0
node337 lx26-amd64 64 62.01 504.9G 98.2G 91.9G 0.0
node401 lx26-amd64 8 6.04 31.5G 8.3G 30.6G 4.2M
node402 lx26-amd64 8 5.05 31.5G 18.3G 30.6G 25.1M
node403 lx26-amd64 8 6.00 31.5G 6.3G 139.7G 3.7M
node404 lx26-amd64 8 4.02 23.6G 10.9G 30.6G 73.7M
node405 lx26-amd64 8 5.03 31.5G 13.2G 30.6G 6.3M
node406 lx26-amd64 8 5.01 31.5G 18.3G 30.6G 21.7M
node407 lx26-amd64 8 4.99 31.5G 8.1G 30.6G 3.3M
node408 lx26-amd64 8 5.03 31.5G 12.9G 30.6G 4.0M
node409 lx26-amd64 8 4.99 31.5G 18.2G 30.6G 24.0M
node410 lx26-amd64 8 4.97 31.5G 8.0G 30.6G 3.0M
node411 lx26-amd64 8 4.98 31.5G 8.1G 30.6G 3.3M
node412 lx26-amd64 8 5.03 31.5G 12.9G 30.6G 6.9M
node413 lx26-amd64 8 5.04 31.5G 8.1G 30.6G 3.4M
node414 lx26-amd64 8 0.03 31.5G 170.0M 30.6G 0.0
node415 lx26-amd64 8 5.03 31.5G 8.1G 139.7G 3.6M
node416 lx26-amd64 8 4.06 27.5G 6.9G 30.6G 3.4M
node417 lx26-amd64 8 0.03 31.5G 161.7M 139.7G 0.0
node418 lx26-amd64 8 4.99 31.5G 13.0G 139.7G 21.0M
node419 lx26-amd64 8 4.99 31.5G 7.8G 30.6G 3.1M
node420 lx26-amd64 8 0.02 31.5G 128.2M 30.6G 0.0
node421 lx26-amd64 8 0.02 31.5G 128.5M 30.6G 0.0
node422 lx26-amd64 8 5.01 31.5G 11.1G 30.6G 4.1M
node443 lx26-amd64 48 45.01 504.3G 195.7G 30.6G 4.9M
node444 lx26-amd64 48 31.98 251.8G 82.9G 30.6G 18.3M
node445 lx26-amd64 48 172.6 252.4G 138.8G 30.6G 12.5M
node446 lx26-amd64 48 19.45 252.4G 44.5G 91.9G 572.0K
node447 lx26-amd64 64 64.06 504.9G 87.5G 61.3G 1.7M
node454 lx26-amd64 8 8.05 62.3G 18.3G 107.2G 2.9M
node501 lx26-amd64 64 62.02 504.9G 88.7G 558.9G 7.3M
node502 lx26-amd64 64 0.05 504.9G 1.0G 91.9G 0.0
node503 lx26-amd64 64 24.05 252.4G 110.9G 91.9G 27.1M
node504 lx26-amd64 64 38.04 252.4G 61.8G 91.9G 36.6M
node505 lx26-amd64 64 0.09 252.4G 624.5M 91.9G 0.0
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